*En el comercial de Shimmy Jimmy en Juguetes para el mundo,en una parte, atrás de Shimmy Jimmy aparece Diddy Kong.
*En el episodio Juguetes para el mundo el Dr. Doofenmirtz reconoce a los juguetes de Perry, pero en anteriores episodios dice que no reconoce al Agente P. sin su sombrero
*En un segmento del episodio Juguetes para el mundo Phineas aparece vestido con sombrero morado y una capa del mismo color, también se ve una cascada de chocolate y unos muñecos extraños llamados "wichilinkis". Esto es una obvia parodia de Charlie y la fábrica de chocolates con Phineas como Willy Wonka, los Wichilinkis como los umpalumpas de la película y la cascada de chocolate.
*En el episodio Juguetes para el mundo el jefe de la compañía llega sin ropa y pregunta ¿qué les parece mi nuevo atuendo? ante lo cual los demás responden con frases aduladoras. Esto es una clara parodia del cuento infantil El traje nuevo del Emperador.
*En el episodio El Rápido y el Phineas, Jeremy mencionó que uno de los coches es el nombre de Billy Ray, haciendo referencia a Hannah Montana, donde el cantante Billy Ray Cyrus es un personaje, junto con el co-protagonista de Phineas y Ferb, Mitchel Musso.
*En el episodio El Rápido y el Phineas, dicen que hay coches llamados: Respuesta a la Vida y el Universo y Todo. Esta es una posible referencia a guía Douglas Adams Hitchhiker's to the Galaxy.
*En el episodio Luces, Candace, Acción, cuando Ferb arregla la película la cara de Candace cambia a la de Ashley Tisdale. Una clara referencia, dado que Ashley Tisdale es quien presta su voz al personaje de Candace en la versión estadounidense.
*En el capítulo "Luces, Candance, Acción", se parece mucho al título de un episodio de Los Padrinos Mágicos que se llama, "Luces, cámara, Adam"
*En el capítulo ¿Eres mi momia? Phineas y Ferb se esconden detrás de una película llamada "Safari Man 2", es una parodia a Spiderman 2.
*En el episodio La Máquina del tiempo el Dr. Feelbetter es una parodia al Dr. Phil.
*La forma en que Perry el ornitorrinco desaparece para cumplir sus misiones es parecida a la forma en que desaparece el Super agente 86 en la cabina telefónica.
Al igual que el Super Agente 86, Perry El Ornitorrinco es una clara parodia de James Bond, incluso su propio tema musical es una parodia a los temas de entrada que tienen las versiones cinematográficas de este personaje
*La versión norteamericana del nombre del episodio de La Máquina del Tiempo se llama It's About Time, haciendo referencia a los Jonas Brothers, ya que su primer disco se llamó «It's About Time».
*En el episodio Es un mundo de lodo (It's a Mud Mud Mud World), el título en inglés, es clara parodia de It's a Mad, Mad, Mad World.
*En el episodio Yo hermano bot cuando Candace ve a los robots corre a un cuarto enterrado y en un cuadro dice "The panic" parodia de El cuarto del pánico.
*El título en inglés de Yo hermano bot es I, bro-bot, clara referencia al libro (y posterior película) Yo, robot de Isaac Asimov.
*Al final del capítulo "Bravucón Salvaje" Ferb duerme a Buford, utilizando la Vulcan Nerve pizca de Star Trek.
*En el episodio "Al fin", cuando Candace y Jeremy están en el carro volador, se nota que hace referencia a Volver al futuro (Back to the Future). Hasta se oye la música de fondo de la película.
*El título del episodio Viaje al Centro de Candace(Journey to the Center Of Candace) se parece al de Viaje al centro de la tierra(Journey to the Center Of the Earth).
*En el episodio "tenemos que volver a hacer la banda", cuando Phineas y ferb tocan con Danny, el guitarrista de Love Handel, Ferb esta vestido igual que Slash, de Guns N'Roses.
*En el episodio "tenemos que volver a hacer la banda", cuando Phineas y ferb van con Bobbie Fabuloso la cancion que cantan es Stayin' Alive de los Bee Gees
En el episodio "luces, candance, accion" en la maqueta para hacer la pelicula tienen un titere de un dinosaurio gigante y a un lado esta el de un gorila haciendo referencia a Godzilla vs King Kong.
*La infidelidad del Dr. Doofenshmirtz se ve en varios capítulos, en donde el Dr. Doofenshmirtz tiene citas, se puede ver en el capítulo "Saca a Pie Grande de mi vista" o en "Yo hermano bot", sin embargo en varios capítulos como "La máquina de helados" se ve que el Dr. Doofenshmirtz tiene una esposa y una hija.
*Los recuerdos del Dr. Doofenshmirtz no tienen coherencia con los demas.
*En uno de los capítulos, Doofenshmirtz le habla a Perry acerca de su pasado, cuando robaron los nomos, y el tuvo que disfrazarse de nomo, estando parado toda la noche, solo (según él, con su vecino Kevin). En otro capítulo, buscando un perro, compra a un perro, el cual era Perry disfrazado, y le dice que compró un perro ya que estaba solo cuando era un niño, y luego le dijo que ya le había contado la historia, pero, ¿porqué le dijo eso al "perro", si el no sabía que era Perry?, porque le estaba diciendo al perro, que nunca la ha escuchado.
*En el capítulo "El Rápido y el Phineas", Jeremy le dice a Candace acerca de que el corredor de carreras más rápido es Billy Ray, una referencia a Hannah Montana; además, en el capítulo "Es un Mundo de Lodo, Lodo, Lodo", el personaje que compite contra Candace, tiene la voz de Billy Ray Cyrus.
*En el capítulo "Un Mundo de Lodo, Lodo, Lodo", Lynda Flyyn (la madre de Phineas y Candace), les dice a Phineas y Ferb que los dos sacaron su imaginación de su padre (Lawrence Fletcher), que es un error, ya que Lawrence es solo el padre de Ferb, y no de Phineas (de él es su padrastro).
*En el episodio El Rápido y el Phineas, cuando el dirigible Doofenshmirtz choca contra la torre de comunicaciones hace una referencia al Hindenburg.
*En el capitulo "jugetes para el mundo" en la cancion de shimmy jimmy aparece una niña parecida a Lilo de Lilo y Stich.
